La Maestría en Atención Primaria de Salud abordará tres líneas de generación y aplicación del conocimiento: Prioridades de Salud, Calidad de los Servicios de Salud y Salud Comunitaria.

Prioridades de salud
Se fundamenta en el análisis estratégico de los problemas sanitarios que afectan a la población de mayor grado de vulnerabilidad. Está centrada en la identificación, priorización y resolución de las problemáticas en salud colectiva, a través de investigación cualitativa y cuantitativa. Esta línea de investigación se orienta en las prioridades de salud de la población de México: salud materna, salud infantil, salud oral, salud mental, enfermedades transmisibles, padecimientos crónicos degenerativos, nutrición, salud y educación, seguridad sanitaria y del ambiente, entre otros que permitan mejorar el estado de salud de la población.

Calidad y desempeño de los servicios de salud
Esta línea de investigación tiene el objetivo de monitorear y evaluar la prestación de los servicios de salud en dos vertientes gestión clínica y administrativa: La Gestión Clínica es la evaluación de la calidad que se otorga en algún determinado servicio de una unidad de salud ambulatoria u hospitalaria en beneficio de la población, para ello, deberá considerar dos perspectivas: la del aseguramiento (producto) o la del mejoramiento (servicios) así como contemplar la evaluación de al menos las siguientes dimensiones: Seguridad, Eficiencia, Efectividad, Equidad, Oportunidad y Centrado en la Persona con el fin de incidir en la mejora de los servicios de salud de una determinada población o región. La gestión y desempeño organizacional de un sistema de salud municipal, estatal o federal, contempla la evaluación de políticas públicas y/o programas de acción específico a fin de medir el impacto en la salud de la población.

Salud comunitaria
Esta línea tiene como objetivo investigar la interacción entre las características de las personas, las familias, el medio social, cultural y ambiental; así como por los servicios de salud y la influencia de factores sociales, políticos y globales en los indicadores de salud. La línea de investigación estará vinculada con temas como la mejora e inclusión social, la reducción de la discriminación, la medicina tradicional, la salud de los pueblos originarios y la población afro mestiza, los servicios sanitarios en comunidades rurales, el autocuidado, la interculturalidad en salud y aspectos que determinados grupos o sectores poblacionales tienen. Esto hace necesario el diseño de intervenciones comunitarias en salud con, desde y para la comunidad mediante un proceso de participación e inclusión.